• Wednesday June 19,2019

Kategori - genomikk


Bruk din 23andMe data i Plink

Bruk din 23andMe data i Plink

Med den siste prisen på $ 99 for 23andMe har mange av vennene mine kjøpt kit (endelig!). 23andMes fortolkningsresultater er ganske rike nå, men det mangler fortsatt ting. Det er mange tredjepartsverktøy du kan bruke, men jeg vet at noen kanskje vil gjøre egen dataanalyse. Det er mange måter du kan gå om dette, men jeg vil sette opp noen innlegg på DIY genomisk data analyse for å gjøre lærekurven litt mindre bratt, og få folk startet. Motivasjon

Pathan parahistorie

Pathan parahistorie

Mughal keiser Akbar I merkelige paralleller gjorde Victor Lieberman en referanse til "Turkicized Pathans." Selve begrepet har gnaved på meg. For å få en følelse av konteksten, skisserte Lieberman virkningen av islamsk sivilisasjon på indisk sivilisasjon. Noen ganger var denne "effekten" veldig bokstavelig. De

På fylogenetisk instrumentalisme

På fylogenetisk instrumentalisme

ADMIXTURE og STRUCTURE tester er ikke formelle blandingstester. Ja! Faktisk, i "open science" -samfunnet gjentas dette problemet igjen og igjen , fordi folk rutinemessig blir forvirret (vårt publikum består ikke av befolkningsgenetikere og fylogenetikere stort sett). Så noen ganger er det nødvendig å legge det ut i detalj som i innlegget ovenfor. Nøk

Effekten av genetisk avledetesting

Effekten av genetisk avledetesting

Holdninger til DNA-anestetester: DNA-anestesprøveindustrien er mer enn et tiår gammel, men detaljene om det er fortsatt et mysterium: Det finnes ingen pålitelige, empiriske data om antall, motivasjoner og holdninger til kundene til dags dato, antall tilgjengelige produkter og deres egenskaper, eller industriens toll- og standardpraksis som har oppstått i fravær av bestemte regjeringsforskrifter. Her

Personlig genomics: mer enn moro og spill

Personlig genomics: mer enn moro og spill

Min største nåværende interesse for personlig genomics akkurat nå er ren rekreasjon. Jeg forventer ikke mye nytte av det, fordi mange sammenhenger mellom gener (SNPs, etc.) og egenskaper / sykdommer er ganske svake. Men det er noen unntak. Nylig ble jeg midlertidig tatt på reseptbelagte medisiner, og jeg ønsket å sjekke om jeg var en rask eller sakte metaboliseringsmiddel. Mater

WDIST, Plink, men raskere?

WDIST, Plink, men raskere?

Lange lesere vet at jeg bruker mye tid med Plink, utviklet av Shaun Purcell. Når det blir sagt, selv med de beskjedne datasettene jeg spiller med, må jeg gjøre bruk av å skrive shell-skript for å utføre forskjellige Plink-manipulasjoner serielt og la dem kjøre over natten. Vel, kanskje ikke mer. Her e

Hvorfor varierer vi fortsatt?

Hvorfor varierer vi fortsatt?

Jeg merker at i fjor sommer spurte Karl Smith "Hvorfor er det korte folk?" Hans logikk er ganske bra, bortsett fra at treningsvariasjonen synes å være mye sterkere hos menn enn kvinner (det er noen bevis jeg har sett det kortere kvinner kan være mer fruktbare, men det er balansert av det faktum at større kvinner ser ut til å være i stand til å håndtere svangerskapet bedre). I alle

Genet (maskinen) og vi

Genet (maskinen) og vi

Over på IEEE Spectrum har Eliza Strickland et langt stykke, The Gene Machine og Me, som rapporterer om hennes erfaring med exome sekvensering (dette refererer til ~ 1 prosent av genomet, eller 30 milliarder basepar, som er kodende). Å være IEEE Spectrum det er mye fokus på genomisk teknologi, men jeg mistenker at dette vil ha så mye interesse 10-20 år nedover linjen som varianter av forbrenningsmotor ca 1900 er til oss. Det

Genomet er en struktur, ikke bare en abstraksjon

Genomet er en struktur, ikke bare en abstraksjon

Her er en rask oppfølging av studien som påstod å illustrere manglene i genomisk risikoforutsigelse, og mottok stor mediedekning: Neil Risch, PhD, en ledende ekspert i statistisk genetikk og direktøren for UCSF Institutt for human genetikk, er enig i en viktig konklusjon fra studieforfatterne, Times reporteren og andre eksperter sitert i mediedekning: genomiske studier er mer verdifulle for deres potensial til å føre til bedre forståelse av sykdommer globalt enn for deres prediktive kraft for enhver enkelt pasient. Denne

Hvorfor ikke slippe data for fylogenetiske papirer?

Hvorfor ikke slippe data for fylogenetiske papirer?

I forrige måned oppdaget jeg at et papir om spekulative inferanser om den fylogenetiske opprinnelsen til australske aboriginer var hindret i sin konklusjon av at de ikke hadde gitt opplysningene til offentligheten (mer nøyaktig, jevnaldrende). Det er sannsynligvis politiske grunner til dette med hensyn til australske aboriginale datasett, så jeg vil ikke begrudge dem dette (vel, i det minste for mye. J

Bruke dine 23andMe-data: utforske med MDS

Bruke dine 23andMe-data: utforske med MDS

Merk : Vennligst les det tidligere innlegget på dette emnet hvis du ikke har det. Bildet ovenfor er fra 23andMe. Det er fra en funksjon som synes å ha blitt marginalisert litt med sin forfedresammensetning. I utgangspunktet projiserer 23andMe kunder på en visualisering av genetisk variasjon fra HGDP datasettet. D

Deleterious dra som en bivirkning av tilpasning

Deleterious dra som en bivirkning av tilpasning

The Pith: Evolution er en slurkaktig kunstner. På brennpunktet av kreativ energi kan tilpasning skape med presisjon, men på kantene av det genetiske landskapet kan skremmende fenomener oppstå på grunn av uoppmerksomhet. Med andre ord er det ofte ulemper ved tilpasning. For noen uker siden har jeg gjennomgått et papir som tyder på at Crohns sykdom kan være en bivirkning av et selektivt feie. Selve

2007-krasjet i genom-sekvensering koster

2007-krasjet i genom-sekvensering koster

Dr. Daniel MacArthur foreslår: Nå ønsker vi ikke alle som arbeider i genomics for å begynne å bruke det samme blå-på-grå lysbildet for å illustrere den forestående datapokalypsen; så jeg oppfordrer folk til å laste ned de rå dataene (advarsel: Excel-fil) og lage sine egne flotte bilder. Mine enkle forsøk er under. Få de rå dat

Genomics fremtiden er nesten nå

Genomics fremtiden er nesten nå

Stephen Hsu på utviklingen ved Beijing Genomics Institute: Jeg ble gulvet i dag da regissøren av BGI fortalte meg at de snart ville nå en sekvenseringsrate på 1000 (menneskelige) genomene per dag (slik at 10 ^ 5 til 10 ^ 6 genomene er rett i horisonten). Ifølge ham kan de være lønnsomme til en pris på $ 5k per genom! [Forkl

Г-tzi, den døde sjøen ruller av genomics?

Г-tzi, den døde sjøen ruller av genomics?

Dienekes peker meg på det faktum at Ewen Callaway har smuss på hva som skjer med Gazo: For å få bedre grep om hans forfedre og predisposisjon til sykdom, satte Albert Zink, leder av Institutt for mumier og Iceman i Bolzano, og hans lag sekvensen på 3 milliarder basepar-kjernekomomet fra et skjørt av hofteben. Sekv

Jared Diamond var riktig!

Jared Diamond var riktig!

I det minste om noen ting. I våpen, bakterier og stål hevdet han at breddeforskjellingen av landbruksmaskiner var mye lettere enn langsgående diffusjon. Dette synes riktig, men en ting som Diamond ikke understreket nok i ettertid, jeg mistenker er at demografisk diffusjon og erstatning kan følge et lignende mønster. Jeg

Mer mangfold i Personal Genome Project

Mer mangfold i Personal Genome Project

Søker mangfold (spesielt familier): Fordi PGP er selvrekruttering, har vi ikke et svært balansert sett med deltakere. "Selvrekruttering" betyr at alle deltakerne har registrert seg i vårt prosjekt gjennom muntlig, å finne vår nettside og registrere online. For å si det helt, betyr det at vi for det meste kommer opp med unge hvite menn . . .

Teknologi og genetikk i det 21. århundre

Teknologi og genetikk i det 21. århundre

Jeg antar at det vil være flere historier som dette neste år, Gene Machine: Maskinen som kan forandre livet ditt, er en kompakt enhet, bare 24 inches bred, 20 inches dyp og 21 inches høy. Med et blikk kan du feire det for en Playskool-leke - eller, enda bedre, Apple II-datamaskinen, som utløste en revolusjon. Fa

Klimaendringer og sydeuropeere er delafrikanske

Klimaendringer og sydeuropeere er delafrikanske

Ingen tid til å blogge dem nå. Jeg kommer til det. Men jeg vil virkelig påpeke deg to papirer av interesse for PLoS Genetics (alle de gode tingene lander på fredag!). Tilpasninger til klima-mediert selektivt trykk hos mennesker: Mennesker har et bemerkelsesverdig variert utvalg av miljøer, og tilpasning gjennom naturlig utvalg har sannsynligvis spilt en sentral rolle i evnen til å overleve og trives i ekstreme klima. I mo

Virkelig fine kornet genetiske kart over Europa

Virkelig fine kornet genetiske kart over Europa

For noen år siden begynte du å se toppen av studier som i utgangspunktet tok flere hundre individer (eller tusen) fra en rekke steder, og deretter hentet de to største komponentene av genetisk variasjon fra hundretusenvis av varianter. Klyngene som falt ut av de genetiske dataene, med hvert punkt som en persons posisjon, ble transponert på et geografisk kart. Ta